農藥學系前身是原植物保護系的植物化學保護教研室，成立于1980年，1983年開始為植物保護本科專業開設植物化學保護等課程，2004年成立農藥學系，目前，設有農藥學碩士學位授權點。20多年來，在老一輩農藥學家薛紹瑄、沈慧敏等教授和新一代教師的共同努力下，學科隊伍不斷發展壯大，已形成了一支結構合理，研究方向穩定的學科梯隊。
本系現有專業教師和實驗技術人員共4人，其中教授1人，副教授3人；具博士學位3人。2002年獲得農業部新農藥登記田間藥效試驗單位認證資格。為植物保護、森林保護專業本科生開設《植物化學保護學》、《林木化學保護學》、《農藥生物測定》、《農藥殘留量分析》、《農田雜草與鼠害防治》、《植保生物技術概論》、《農藥應用學》、《植物化學保護實驗》、《林木化學保護實驗》、《植物化學保護實習》、《林木化學保護實習》等課程及綜合性實踐教學；為研究生開設《農藥學原理》、《農藥毒理學》、《農藥生物測定》、《植物保護研究進展》、《農藥加工與應用》、《殺蟲藥劑的分子毒理學》、《農藥生物測定》、《雜草防除》、《農藥分析與殘留分析》、《農藥學》、《害蟲抗藥性分子機理》、《農藥學專題》、《農產品安全生產技術與應用》、《農化產品高效利用與管理》、《農業生物安全》等課程。
農藥學科是植物保護學科下設的二級學科之一。主要研究內容包括殺蟲劑、殺菌劑、殺螨劑、殺線蟲劑、除草劑、殺鼠劑及植物生長調節劑等農藥的創制和應用技術，以及與之相關的農藥開發與加工、農藥作用機理、農藥經營與管理、農藥抗藥性、農藥合成與分析、農藥殘留與環境毒理等理論與技術。
1990年以來，先后承擔省部級科研項目及國家自然基金等30余項，企業委托項目4項，其中《二點葉螨在果樹上嚴重發生與農藥品種更替之關系初探》、《西部旱作農業區適用型微生物生防制劑的合成與應用》、《切花百合有害生物控制技術的開發與應用》、《切花百合種產化關球國鍵技術研究與產業化開發》等項目分別獲甘肅省科技進步二等、三等獎和甘肅省農業技術推廣二等獎；《植物植物化學保護學科教學理論與實踐》等3項獲省級和校級教學成果獎，《植物化學保護》課程被評為2006年度省級精品課程。2003年以來，承擔農業部下達的新農藥田間藥效試驗；獲得發明專利10個，制定地方標準3項。同時，在《Systematic and applied acarology society》、《Journal of integrative agriculture》、《植物保護學報》、《菌物學報》《昆蟲學報》、《中國農業科學》、《草業學報》、《應用生態學報》、《農藥》、《植物病理學報》、《中國生物防治》、《植物營養與肥料學報》、《植物保護》、《中國農學通報》等重要期刊上發表研究論文100多篇，主編、副主編、參編教材和專著10余部，目前在研項目10項。
主要研究方向有：農藥毒理與有害生物抗藥性，農藥加工與應用技術，生物農藥開發與應用，農藥合成與分析，植物病毒病的化學防治與化學誘導植物抗病性研究。