學院始建于1958年，前身是內蒙古農牧學院農田水利系，1990年更名為水利工程系，1999年農林兩校合并更名為水利與土木建筑工程學院。學院下設水利工程系、資源環境系、土木工程系、測繪工程系等4個教學系和1個實驗教學中心（水利土木工程綜合實驗中心）。水利土木工程綜合實驗中心下設4個綜合實驗室，共21個功能實驗室。
學院現有教職工109人，其中教授30人，副教授30人，高級實驗師4人。有自治區級教學名師5人，自治區級教壇新秀3人，自治區杰出人才獎獲得者1人，新世紀“百千萬人才工程”國家級人選1人，教育部新世紀優秀人才支持計劃1人，享受政府特殊津貼和自治區有突出貢獻的中青年專家11人，自治區培養“草原英才”二、三類人選5人。
學院現有農業水利工程、水利水電工程、水文與水資源工程、環境工程、地質工程、給排水科學與工程、土木工程、建筑學、工程造價和測繪工程共10個本科專業，2018年在校本科生2340人。其中，農業水利工程專業為國家特色專業建設點，自治區重點建設專業、品牌專業，2014年通過教育部工程教育專業認證，并入選國家第一批卓越農林人才教育培養“復合應用型”農林人才計劃項目試點專業；水文與水資源工程專業為國家特色專業建設點，自治區品牌專業，2009年通過教育部工程教育專業認證，2012年通過延期認證，2015年再次通過教育部工程教育專業認證。學院共有6個自治區品牌專業（農業水利工程、水文與水資源工程、土木工程、給排水科學與工程、環境工程和測繪工程），9門自治區精品課程和4個自治區教學團隊。
學院各專業培養體現“厚基礎、寬領域”和“大眾化教育”的目標要求，針對學生生源的層次和對課程的不同需要，將課程平臺分級設置，旨在不斷建立和實施“大類培養融通化、基礎培養規格化、專業培養分流化、分級培養層次化、導向培養精英化”的人才培養模式。除建筑學、地質工程、給排水科學與工程、測繪工程和工程造價等專業外，其它各專業學生，經過一年的基礎教育，經考核成績優秀者，可自愿申請轉入農業水利工程專業的“復合應用型”卓越農林人才教育培養計劃項目試點班單獨培養。同時，為培養適應社會需求的復合型人才，鼓勵各專業學有余力的學生多方面發展，允許優秀學生從第三學期開始選修攻讀主輔修、雙學位等專業課程。
學院現有農業工程博士后科研流動站1個，農業工程、水利工程一級學科博士學位授權點2個，農業水土工程、農業水資源利用與保護、農業水利工程和農業生物環境與能源工程4個二級學科博士點；土木工程一級學科碩士學位授權點1個，農業水土工程、水文學及水資源、水工結構工程、水利水電工程、水力學及河流動力學、結構工程、市政工程、水利測繪信息與技術、農業水資源利用與保護、農業水利工程和農業生物環境與能源工程二級學科碩士學位授權點11個，有農業工程、水利工程、建筑與土木工程領域3個專業學位碩士點。現有碩士研究生148人，博士研究生39人，留學生（碩士）3人。農業水土工程學科為國家重點（培育）學科，農業水土工程和水文學及水資源學科為自治區重點學科，水工結構工程學科為自治區重點（培育）學科；測繪信息實驗中心為自治區級實驗教學示范中心，水資源保護與利用實驗室為自治區重點實驗室；有1個教育部創新團隊，3個自治區“草原英才”創新團隊，1個科技部重點領域創新團隊，1個自治區工程技術研究中心。
2017年獲批國家自然科學基金11項，獲批自治區重大專項1項、自然科學基金5項、科技廳項目2 項、水利廳項目5項、農業綜合開發項目2項，合計經費1986萬元。承擔橫向課題14項，合同經費754萬元。獲自治區科技進步二等獎1項，獲教育部科技進步一等獎1項。發表論文123篇，其中SCI 9篇，EI收錄12篇，中文核心期刊91篇，其中CSCD 81篇。獲專利4項。1個教育部創新團隊獲得教育部滾動支持。1人入選第三批國家萬人計劃科技創新領軍人才。學生獲國家級專業技能競賽一等獎2項、二等獎1項、三等獎2項，獲自治區級專業技能競賽特等獎3項、二等獎1項、優秀獎1項。