工商管理學院是沈陽藥科大學成立最早的二級學院，是國內醫藥院校中最早開展管理專業人才培養的院系，是國內第一個從事藥事管理博士研究生教育的學院。學院始建于1981年，1987年開始招收全日制本科生，1995年組建工商管理學院, 1994年開始招收碩士研究生，2000年開始招收博士研究生。目前學院已經形成了本科、碩士和博士層次完整的教育體系。
學院下設藥事管理、工商管理、市場營銷、藥物經濟學四個教研室，現有教工40人，其中專任教師32人。教師中有教授6人，兼職教授31人，副教授12人，具有博士學位的教師占教師總數的73%。教師在藥物信息協會(DIA)、香港交易所生物科技咨詢小組、中國藥學會、中國藥品監督管理研究會、中國藥師協會、中國醫藥企業管理協會、國家發改委藥品價格評審專家委員會、國家商務部產業發展專家委員會等組織以及《國際公共衛生雜志》、《中國藥學雜志》、《中國藥房》等十幾家雜志有社會兼職。
學院現有藥學一級學科（包括藥事管理學1個二級學科）博士、碩士學位授予點1個；工商管理一級學科碩士學位授予點1個；碩士專業學位授予點1個，即藥學碩士（藥事管理學研究方向）；藥事管理、工商管理、市場營銷、本科專業3個。學院目前在校本科生924人，碩士生126人，博士生38人。現已培養藥事管理博士畢業生80余名，占國內同專業畢業生總數的85%，碩士畢業生500余名。
近年來，學院完成了世界衛生組織、國家藥品監督管理局、衛生部、科技部、教育部等研究課題300余項；發表學術論文2000余篇；公開出版專著和教材230余部；獲得科研獎勵70余項；建立了沈陽藥科大學監管科學與產業發展研究中心和沈陽藥科大學醫藥數據研究中心；創辦了《亞洲社會藥學》雜志。
學院堅持對外交流。與美國Alliant大學建立了本科生互換人才培養合作關系，與中國藥科大學、復旦大學、北京大學、歐洲監管科學協會、澳門大學、美國南加州大學共同成立了國際藥事監管教育推行委員會，簽署了戰略合作協議；與美國Amgen公司、德國拜耳公司等國內外知名企業建立了教育與科技合作關系。
學院將緊緊圍繞學校辦學宗旨，進一步加強內涵建設，以學科建設為主線，以教學改革為核心，以全面育人為根本，立足藥學，突出特色，注重品質，創新發展，奮力開啟藥學領域國際知名、國內一流的工商管理學院建設的新征程。