中藥學院始建于1985年，其前身是沈陽藥學院中藥系。學院現(xiàn)設(shè)有天然藥物化學系和中藥系。學院還設(shè)有學生實驗中心、中藥標本館、藥用植物園。
學院擁有國家中醫(yī)藥管理局中藥化學和中藥質(zhì)量控制兩個三級實驗室、教育部與遼寧省創(chuàng)新藥物研究與設(shè)計重點實驗室、遼寧省中藥現(xiàn)代化工程技術(shù)研究中心、中藥資源研究與開發(fā)重點實驗室、遼寧省天然藥物提取分離與工業(yè)制備工程技術(shù)中心。還有沈陽藥科大學與日本北海道藥科大學共建的中成藥分析研究室、沈陽藥科大學與韓國東亞大學共建的中韓分子生藥學研究室。
學院有藥學和中藥學兩個一級學科博士學位授權(quán)點，十個二級學科博士點和藥學博士后流動站。天然藥物化學、生藥學、中藥學科都為省級重點學科，其中天然藥物化學學科被遼寧省列為沖擊國家重點學科的26個學科之一，中藥學科為遼寧省重點發(fā)展的50個學科之一。中藥資源學為遼寧省優(yōu)勢特色學科。天然藥物化學被評為國家級精品課，生藥學、有機化合物波譜解析、藥用植物學被評為省級精品課，中藥制劑分析學被評為校級精品課。中藥學專業(yè)為國家級特色專業(yè)。天然藥物化學團隊為省級優(yōu)秀教學團隊，中藥化學實驗中心為省級教學示范中心。
學院現(xiàn)有教職工74人，其中專任教師48人。教師中有中國工程院院士1人，教授13人，副教授21人，97.9%的教師具有博士學位。教師中有遼寧省百千萬人才工程百人層次7人，千人層次4人。學院教師實力雄厚，基礎(chǔ)堅實，具有豐富的教學經(jīng)驗和很強的科技創(chuàng)新能力，在中藥及天然藥物活性成份研究領(lǐng)域處于國內(nèi)外領(lǐng)先水平。近三年來承擔國家重大科學研究計劃項目7項， 國家授權(quán)專利53項，承擔國家省市縱向課題157項，其中國家自然基金項目19項，發(fā)表SCI文章430余篇。
學院積極開展國際合作與交流，多次邀請國外知名專家來校講學，積極選派青年教師到國外參加進修學習，促進了學科發(fā)展。先后承辦第六屆中日韓生藥學國際學術(shù)研討會、第十一屆中藥和天然藥物學術(shù)研討會、第十二屆全國中藥標本館學術(shù)研討會和第九屆中國中藥鑒定學教學研討會等會議，為中藥學的發(fā)展做出了積極的貢獻。目前學院與美國，英國，葡萄牙，日本，韓國等多個國家的大學及研究機構(gòu)建立了良好的合作關(guān)系，每年選派優(yōu)秀本科生，研究生赴國外進行交流。