自動化系是我校較早設立的系所之一。自1977年恢復高考后，就開始工業自動化專業的本科招生，1989年又獨立設置微電腦專業，1999年按照新的本科專業目錄，合并為自動化專業并開始招生至今。本系現有教師 18人，其中教授2人，副教授6人，博士10人，博士生導師1人，碩士生導師6人，浙江省中青年學科帶頭人1人，已初步形成梯隊結構較為合理，具有良好學術氛圍和合作精神的教學科研團隊。擁有“自動化”浙江省重點專業1個，“控制理論與控制工程”浙江省重點建設學科1個，控制科學與工程一級碩士點1個，可以在控制理論與控制工程、檢測技術與自動化裝置、模式識別與智能系統、系統工程4個方向招收碩士研究生。建成了功能設施完善，儀器設備先進，實驗環境優良的教學科研實驗室。所依托的控制科學與儀器技術實驗教學中心為省級實驗教學示范中心，設有檢測技術、電氣與控制理論、過程控制、網絡化控制等6個教學實驗室和自動控制仿真、綜合自動化與智能信息集成2個科研實驗室，為教學、科研提供了良好的硬件平臺。重視教育教學改革，近年來先后建成《自動控制原理》、《電力電子技術》省級精品課程2門，承擔省新世紀教改課題、省教育規劃課題等省級、校級教改課26項，獲國家級教學成果二等獎1項（合作），浙江省教學成果一等獎2項，發表教改論文30余篇。積極開展國際交流與合作，先后與加拿大Alberta、新加坡國立、澳大利亞Newcastle 等大學和研究機構建立了雙邊合作關系。
重視科學研究與學術水平的提高。先后承擔和完成國家高技術研究發展計劃（863計劃）1項、國家自然科學基金7項、教育部博士點專項基金1項、浙江省自然科學基金12項、其它省部級及橫向課題26項；獲省級科學技術獎二等獎1項、三等獎2項，取得發明專利2項；累計在《IEEE Trans. On Control Systems Technology》、《Nonlinear Analysis-Theory, Method and Applications》《自動化學報》、《儀器儀表學報》、《化工學報》、《系統工程理論與實踐》、《控制理論與應用》等國內外重要學術刊物發表科研論文151篇，其中SCI、EI收錄86篇。