中醫(yī)基礎(chǔ)理論學(xué)科1981年獲批為碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科，是我校首批碩士學(xué)位授予點(diǎn)之一，1999年成為北京中醫(yī)藥大學(xué)博士研究生聯(lián)合培養(yǎng)點(diǎn)。2008年被評(píng)為安徽省重點(diǎn)學(xué)科，2009年被評(píng)為國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科，為安徽省重中之重學(xué)科、博士學(xué)位授權(quán)建設(shè)學(xué)科中醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科的主干二級(jí)學(xué)科，安徽省首批博士后崗位學(xué)科，學(xué)科建設(shè)經(jīng)費(fèi)達(dá)700余萬(wàn)元。學(xué)科為省部共建新安醫(yī)學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室及新安醫(yī)學(xué)省級(jí)高校科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)主干，擁有國(guó)家中醫(yī)藥科研三級(jí)實(shí)驗(yàn)室――細(xì)胞與分子生物學(xué)（腦病）實(shí)驗(yàn)室。2008年學(xué)科所在的中醫(yī)學(xué)專業(yè)成為第一批國(guó)家教育部特色專業(yè)，中醫(yī)基礎(chǔ)理論被遴選為省級(jí)精品課程，2009年中醫(yī)基礎(chǔ)理論學(xué)科教學(xué)團(tuán)隊(duì)被遴選為國(guó)家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)，2010年中醫(yī)基礎(chǔ)理論被遴選為國(guó)家級(jí)精品課程。
學(xué)科先后承擔(dān)省教學(xué)研究項(xiàng)目5項(xiàng)，主編、副主編與參編國(guó)家級(jí)規(guī)劃教材及學(xué)術(shù)專著30余部，為國(guó)家級(jí)規(guī)劃教材《中醫(yī)基礎(chǔ)理論》、《內(nèi)經(jīng)選讀》主編與副主編單位，國(guó)家級(jí)研究生規(guī)劃教材《中醫(yī)基礎(chǔ)理論專論》副主編單位，獲全國(guó)中醫(yī)藥優(yōu)秀教材二等獎(jiǎng)和優(yōu)秀圖書一等獎(jiǎng)各1項(xiàng)、華東地區(qū)優(yōu)秀科技圖書一等獎(jiǎng)1項(xiàng)，國(guó)家優(yōu)秀教學(xué)成果二等獎(jiǎng)1項(xiàng)，在省級(jí)以上學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表論文200余篇。承擔(dān)國(guó)家“973”計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目等國(guó)家及省部級(jí)科研項(xiàng)目18項(xiàng)，科研經(jīng)費(fèi)200余萬(wàn)元，獲安徽省科學(xué)技術(shù)二等獎(jiǎng)、中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)等3項(xiàng)，獲國(guó)家三類新藥批號(hào)1項(xiàng)、發(fā)明專利1項(xiàng)、科研成果轉(zhuǎn)讓1項(xiàng)，直接經(jīng)濟(jì)效益120萬(wàn)元。
學(xué)科在探索中醫(yī)基礎(chǔ)理論認(rèn)識(shí)規(guī)律的過(guò)程中，注重方法學(xué)的改進(jìn)，注重培養(yǎng)復(fù)合型的高級(jí)中醫(yī)藥人才。在繼承名老中醫(yī)傳統(tǒng)經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上，運(yùn)用現(xiàn)代實(shí)驗(yàn)技術(shù)與方法研究中醫(yī)理論，主要圍繞中醫(yī)治則治法理論及其應(yīng)用、中醫(yī)藏象理論與實(shí)質(zhì)、中醫(yī)病因病機(jī)學(xué)說(shuō)、中醫(yī)體質(zhì)學(xué)說(shuō)、內(nèi)經(jīng)研究等方向開展一系列研究。首創(chuàng)多因素復(fù)合制作氣虛血瘀證局灶性腦缺血再灌注大鼠模型，首次系統(tǒng)提出缺血性中風(fēng)“氣虛血瘀”病機(jī)學(xué)說(shuō)，提出“腎精-腦髓”相關(guān)理論，采用中醫(yī)治法、病證和方藥的不同角度互補(bǔ)研究，不同治法比較研究，首次開展了益氣活血法、補(bǔ)腎生髓法對(duì)腦缺血神經(jīng)細(xì)胞凋亡信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路影響較為系統(tǒng)的研究，對(duì)腦缺血后內(nèi)源性神經(jīng)干細(xì)胞和體外培養(yǎng)胚胎神經(jīng)干細(xì)胞缺氧誘導(dǎo)模型增殖分化及其信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑與調(diào)控影響的研究，查新表明相關(guān)研究?jī)?nèi)容與研究方法在國(guó)內(nèi)處于領(lǐng)先水平，對(duì)該領(lǐng)域研究具有重要的借鑒價(jià)值。提出清熱解毒、益氣養(yǎng)陰是防治病毒性心肌炎的有效治法，鑒于化濕法在中醫(yī)臨床中特色地位，開展化濕法研究。在中醫(yī)藏象理論與實(shí)質(zhì)研究中，著重對(duì)中醫(yī)藏象學(xué)說(shuō)進(jìn)行深入探索挖掘，并注意運(yùn)用現(xiàn)代科學(xué)的方法來(lái)揭示藏象本質(zhì)、內(nèi)在規(guī)律及將其指導(dǎo)臨床應(yīng)用，同時(shí)注意挖掘新安醫(yī)家對(duì)藏象學(xué)說(shuō)的闡發(fā)和創(chuàng)新。運(yùn)用文獻(xiàn)學(xué)、臨床流行病學(xué)及分子生物學(xué)方法對(duì)中醫(yī)體質(zhì)理論及其形成機(jī)制進(jìn)行研究。學(xué)科重視從中醫(yī)基礎(chǔ)理論的發(fā)展源流中探討理論實(shí)質(zhì)，同時(shí)注重中醫(yī)傳統(tǒng)文化發(fā)掘與研究，使中醫(yī)學(xué)理論有一個(gè)堅(jiān)實(shí)人文基礎(chǔ)，以利于引導(dǎo)其正確發(fā)展。

學(xué)位點(diǎn)已培養(yǎng)碩士研究生40余人，聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生5人。學(xué)科擁有省學(xué)術(shù)與技術(shù)帶頭人后備人選1名、省高等學(xué)校中青年骨干教師2人、省級(jí)教壇新秀1人、安徽中醫(yī)學(xué)院中青年骨干教師1人，兩人破格晉升教授。目前學(xué)科擁有教授5人、副教授7人、高級(jí)實(shí)驗(yàn)師1人、講師5人，其中博士4人，碩士5人，博士研究生導(dǎo)師1人，碩士研究生導(dǎo)師7人，已經(jīng)形成了年齡、職稱、學(xué)歷、學(xué)緣結(jié)構(gòu)較為合理的教學(xué)與科研梯隊(duì)。
主要研究方向：1.中醫(yī)治則治法理論與應(yīng)用基礎(chǔ)研究；2.中醫(yī)病因病機(jī)學(xué)說(shuō)研究；3.中醫(yī)藏象理論與實(shí)質(zhì)研究；4.《內(nèi)經(jīng)》養(yǎng)生學(xué)說(shuō)研究；5.新安醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)研究；6.中醫(yī)體質(zhì)的理論及實(shí)驗(yàn)研究。